حقوق گمرکی در ماده ۲ قانون اصلاح موادی از قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی ،اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران و چگونگی برقراری و وصول عوارض و سایر وجوه از تولید کنندگان کالا ،ارائه دهندگان خدمات و کالاهای وارداتی چنین تعریف شده است :
حقوق گمرکی، مالیات،حق ثبت سفارش کالا، انواع عوارض و سایر وجوه دریافتی از کالاهای وارداتی تجمیع گردیده و معادل چهار درصد (۴%) ارزش گمرکی کالاها تعیین می شود. به مجموع این دریافتی و سود بازرگانی که طبق قوانین مربوطه توسط هیات وزیران تعیین می شود حقوق ورودی اطلاق می گردد.
قبل از سال ۱۳۸۲ در گمرک عوارضی همچون هلال احمر، شهرداری، حق ثبت سفارش و عوارض دیگر دریافت می شد که در سال ۱۳۸۳ دولت وقت تصمیم گرفت این عوارض را تجمیع کند و از ابتدای سال ۱۳۸۲ با نرخ ۴ درصد به گمرک پرداخت می شود.
هر چند در اوایل این تجمیع مخالفتهایی با این لایحه صورت گرفت اما تجمیع عوارض با اسم حقوق گمرکی باعث شد روند کار در گمرک تسهیل شود.