سلام.
ارزش افزوده در هر مرحله ای از خرید و فروش و بعد از واردات اعمال می شود. یعنی اگر شما ۱۰۰ تومان جنس وارد کنید و در گمرک ۹ تومان ارزش افزوده پرداخت کنید. اگر جنس خود را ۲۰۰ تومان بفروشید به اندازه مابه التفاوت قیمت واردات و قیمت فروش که ۱۰۰ تومان می شود می بایستی ارزش افزوده جداگانه به آن تعلق می گیرد که ۹ تومان است. در حقیقت کل ارزش افزوده را مصرف کننده نهایی پرداخت می کند ( ۹ درصد ۲۰۰ تومان ). شما ۱۸ تومان از خریدار می گیرد و چون ۹ تومان به گمرک پرداخت کردید آنرا از ۱۸ تومان کسر ( ۹ تومان ) و به دارایی پرداخت می کنید.